در دوره‎ای که شیخ‎ العراقین می‎زیست قبر مختار مشخص نبود. وی در دوره‎ای که کار نظارت بر بازسازی عتبات عالیات را بر عهده داشت در اطراف مسجد کوفه به جستجوی قبر مختار پرداخت. در برخی از گزارش‎ها آمده است: سیّد شریف رضا، فرزند سید بحرالعلوم به شیخ العراقین گفت: «زمانی که پدرم از کنار زاویه‎ی شرقی مسجد کوفه عبور می‎کرد، همراهان خود را به خواندن سوره‎ی فاتحه برای روح مختار امر می‎کرد و معتقد بود همین جا (محلی که فاتحه می‎خواندند) محل قبر مختاراست». زمانی که شیخ العراقین این مطلب را شنید، دستور داد آن محل را حفر نمودند که به دنبال آن سنگی پیدا شد که روی آن نوشته بود: هذا قبر المختار بن عبید الثقفی». در دوران حاضر بنای قبر مختار در خارج محوطه‎ی مسجد کوفه، کنار دیوار قبله قرار گرفته است.

**************************

منابع : 

سید نعمت الله حسینی، سید الشهدا علیه السلام و یاران و خاندان وفادار او، ج3، ص43 

عباس حسینی کاشانی، سیمای کوفه از نظر مذهبی، ص256.

پایگاه رسمی مسجد کوفه ومزارهای وابسته به آن.